Bardzo ważną realizacją zasady czynnego udziału strony w postępowaniu podatkowym jest prawo strony do wniesienia odwołania od decyzji nieostatecznej wydanej w pierwszej instancji. Odwołanie takie przysługuje tylko do jednej instancji i co do zasady powinna to być instancja wyższa (obowiązuje zasada dewolutywności, zgodnie z którą odwołanie przenosi sprawę do organu wyższej instancji), chyba że w sensie procesowym nie ma organu wyższej instancji. Wówczas w przypadku gdy decyzja wydana została w pierwszej instancji przez Ministra właściwego do spraw finansów publicznych, Dyrektora Izby Skarbowej, Dyrektora Izby Celnej lub przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze- odwołanie od decyzji rozpatrywał będzie ten sam organ podatkowy, stosując odpowiednio przepisy o postępowaniu odwoławczym. Jeżeli strona będąca uczestnikiem postępowania odwoławczego uzna, że organ pierwszej instancji nie zebrał wystarczającej liczby dowodów, może zażądać dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie. O ile w innych sprawach można przyjąć odformalizowaną formę wnoszenia podań, to w przypadku odwołania od decyzji, musi ono zawierać obligatoryjne elementy, których brak skutkuje bezskutecznością odwołania i pozostawieniem go bez rozpatrzenia. Są to cztery obligatoryjne elementy: zarzuty przeciwko decyzji (które mogą odnosić się np. do naruszenia podstawy materialno-prawnej lub podstaw faktycznych decyzji), istota żądania odwoławczego (czyli określenie w odwołaniu, o co ubiega się wnoszący, np. czy żąda uchylenia, czy zmiany decyzji etc.), zakres żądania odwoławczego (np. czy żąda zmiany decyzji w całości czy tylko w części, a jeśli tak to w jakiej), dowody uzasadniające żądanie odwoławcze. Terminem przewidzianym do wniesienia odwołania od decyzji jest czternaście dni od momentu doręczenia jej stronie. Strona, która odwołała się od decyzji ma również prawo do cofnięcia swojego odwołania, jeżeli zrobi to przed wydaniem decyzji przez organ odwoławczy, przy czym organ odwoławczy może odmówić uwzględnienia cofnięcia odwołania jeżeli uzna, że zachodzi prawdopodobieństwo pozostawienia w obrocie prawnym decyzji, która została wydana z naruszeniem przepisów prawa w stopniu uzasadniającym zmianę lub uchylenie decyzji. Jeżeli strona będąca uczestnikiem postępowania odwoławczego uzna, że organ pierwszej instancji nie zebrał wystarczającej liczby dowodów, może zażądać dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie. Organ odwoławczy może przeprowadzić takie postępowanie lub zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję w pierwszej instancji. Prawo podatkowe ma charakter publicznoprawny, a podstawową tego konsekwencją jest fakt, że podatnicy mimo, iż nie zgadzają się z wieloma uregulowaniami, muszą się do nich zastosować. Należy jednak pamiętać, że podatnicy mogą nie zgodzić się z nieprawidłowo naliczonym zobowiązaniem podatkowym oraz sprzeciwiać się naruszaniu zagwarantowanych im praw.
