Proponowane zmiany pokazują kierunek w jakim ma zmierzać kodeks. W ocenie Ministerstwa Sprawiedliwości podwyższanie kar ma być skutecznym środkiem do zwalczania przestępczości podatkowej
Dotychczasowe brzmienie art. 23 § 1 k.k.s. wskazuje, iż w przypadku wymierzenia grzywny najniższa stawka dzienna wynosi 10, najwyższa 720 zł. Zmiana zaproponowana przez Ministerstwo Sprawiedliwości podnosi wysokość minimalnej stawki dziennej z 10 do 20. Zmiana ta wydaje się niewielka, jednak przyglądając się mechanizmom związanym z grzywną i zastępczym wykonaniem tej kary, można dostrzec, że nowe brzmienie przepisu spowoduje realne zwiększenie wymiaru kar orzekanych wobec sprawców czynów zabronionych. Karę grzywny stosuje się poprzez określenie wysokości stawki dziennej oraz liczbę tych stawek. Kwota, którą ma zapłacić skazany to iloczyn tych dwóch wartości. Przykładowa kara grzywny może wynieść 40 stawek dziennych w wysokości 100 zł każda. Wobec sprawcy niemogącego uiścić grzywny w zasądzonej wysokości sąd może orzec zamianę tej kary na pracę społecznie użyteczną (art. 45 k.k.w.). W takim przypadku 10 stawek dziennych jest równoważne miesiącowi pracy społecznie użytecznej. Wejście w życie zmiany w art. 23 § 1 k.k.s. spowoduje, że wymierzanie kar grzywny nawet w niższym przedziale będzie realnie surowsze niż ma to miejsce w tej chwili, również w przypadku jej nieuiszczenia. Skazany, który nie może uiścić takiej kary będzie musiał dłużej wykonywać prace społecznie użyteczne.
Poważniejszą zmianą dotyczącą wysokości kar możliwych do zastosowania przez kodeks karny skarbowy jest planowana zmiana w art. 28 § 2 k.k.s. w zakresie wysokości możliwej do orzeczenia kary pozbawienia wolności w przypadku jej nadzwyczajnego obostrzenia. Ministerstwo Sprawiedliwości planuje podwyższenie górnej granicy kary pozbawienie wolności z 10 lat do lat 15. W tym miejscu warto oddać głos projektodawcy: „biorąc pod uwagę, że w myśl art. 28 § 2 kara nadzwyczajnie obostrzona nie może przekroczyć 10 lat pozbawienia wolności, zdaniem projektodawcy, zagrożenie to jest niewystarczające, aby powstrzymać niektórych sprawców przed targnięciem się na mienie Skarbu Państwa”. Czy podwyższanie kar jest skutecznym sposobem na wyeliminowanie przestępczości godzącej w interesy Skarbu Państwa dowiemy się dopiero w bliżej nieokreślonej przyszłości. Dotychczasowe doświadczenia pozwalają sceptycznie podchodzić do takich propozycji.
Wartą odnotowania jest również proponowana zmiana w treści art. 24 § 5 k.k.s. dotycząca rozszerzenia możliwości orzeczenia wobec podmiotu odpowiedzialnego posiłkowo obowiązku zwrotu uzyskanej korzyści majątkowej. Przypomnieć trzeba, iż przepisy kodeksu karnego skarbowego dopuszczają możliwość uczynienia odpowiedzialnym za karę grzywny podmiot, którego zastępca (działający jako pełnomocnik, zarządca, pracownik itp.) jest sprawcą czynu i podmiot ten odniósł bądź mógł odnieść jakąkolwiek korzyść z popełnionego przestępstwa. Niezależnie od odpowiedzialności za karę grzywny, można na taki podmiot nałożyć obowiązek zwrotu korzyści majątkowej. W dotychczasowej praktyce istniała wątpliwość czy w przypadku „skonsumowania” tej korzyści, na podmiot odpowiedzialny posiłkowo można nałożyć obowiązek jej zwrotu. Nowe brzmienie przepisu z art. 24 § 5 ucina te wątpliwości, jak czytamy w uzasadnieniu do ustawy, postanawiając, że sąd będzie mógł zobowiązać podmiot odpowiedzialny posiłkowo do zwrotu, także równowartości osiągniętej przez niego korzyści majątkowej.