Naczelny Sąd Administracyjny rozstrzygnął sprawę dotyczącą jednej z największych transakcji nabycia nieruchomości komercyjnych w 2016 r., w Polsce. Spółka nabyła budynek biurowy za kwotę około 500 mln zł. Wartość przedmiotu sporu sięgała 120 mln zł, a był nim podatek VAT do zwrotu.
Według Naczelnego Sądu Administracyjnego zakres ochrony wynikającej z uzyskanej indywidualnej interpretacji podatkowej nie może zostać zawężony przez organ podatkowy, a ochrona wynikająca z interpretacji jest niezależna od wyniku podatkowego, jaki w danym okresie rozliczeniowym osiągnął podatnik
Spółki, które przeprowadzały transakcję, czyli spółka kupująca i sprzedająca, wystąpiły do organów podatkowych z prośbą o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej, z której wynikało, iż transakcja powinna być opodatkowana podatkiem VAT. Zgodnie z interpretacją indywidualną spółka sprzedająca wystawiła fakturę VAT, a po otrzymaniu kwoty powiększonej o podatek VAT odprowadziła podatek do urzędu skarbowego. Tym samym nabywca zapłacił za nieruchomości kwotę powiększoną o podatek VAT, czyli o 120 mln zł.
Spółka kupująca po zrealizowanej transakcji wystąpiła z wnioskiem o zwrot podatku VAT. Natomiast organ podatkowy odmówił jej zwrotu, twierdząc, iż transakcja stanowiła dostawę zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a nie pojedynczego aktywu i tym samym nie powinna podlegać opodatkowaniu VAT. Według organu podatkowego zwrot podatku VAT był nienależny. Organ podatkowy twierdził również, iż uzyskana indywidualna interpretacja podatkowa nie mogła mieć zastosowania, gdyż ochrona z indywidualnej interpretacji obejmuje tylko zwolnienie z zapłaty zaległości podatkowych, a nie prawo do zwrotu podatku VAT.
W czerwcu 2018 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie skrytykował stanowisko organu podatkowego i uchylił wydane przez niego decyzje. Według WSA organ podatkowy zbyt wąsko interpretował przepisy ochrony wynikającej z indywidualnej interpretacji podatkowej. WSA zauważył, iż takie podejście do indywidualnej interpretacji jakie przedstawił organ podatkowy oznaczałoby, że stosowanie prawa jest pułapką dla podatnika. WSA w Warszawie powołał się przy tym na działanie demokratycznego państwa prawa, wskazując zasadę zaufania do organów państwowych. Organ podatkowy podtrzymał swoje stanowisko, iż moc ochronna indywidualnej interpretacji podatkowej nie obejmuje swoim zakresem prawa do zwrotu podatku VAT i wniósł skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
W dniu 21 marca 2019 r. Naczelny Sąd Administracyjny ostatecznie poparł i potwierdził stanowisko zaprezentowane przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, oddalając skargę kasacyjną organu podatkowego. NSA wskazał m.in., że ochrona wynikająca z indywidualnej interpretacji podatkowej skutkuje uwolnieniem podatnika od wszelkich negatywnych skutków związanych z zastosowaniem się przez niego do interpretacji wydanej przez organy podatkowe i to niezależnie od tego, czy w danym okresie rozliczeniowym u podatnika wystąpiło zobowiązanie podatkowe, czy też zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym oraz czy zwrot ten faktycznie nastąpił.Naczelny Sąd Administracyjny w ogłoszonym wyroku stwierdził, iż nie można zmniejszyć zakresu ochrony wynikającej z indywidualnej interpretacji podatkowej. Wraz z ogłoszonym przez NSA wyrokiem organ podatkowy przegrał spór i będzie musiał zwrócić podatnikowi 120 mln zł z tytułu podatku VAT do zwrotu.
Według Naczelnego Sądu Administracyjnego zakres ochrony wynikającej z uzyskanej indywidualnej interpretacji podatkowej nie może zostać zawężony przez organ podatkowy, a ochrona wynikająca z interpretacji jest niezależna od wyniku podatkowego, jaki w danym okresie rozliczeniowym osiągnął podatnik. Dlatego w tym przypadku ochrona z indywidualnej interpretacji podatkowej obejmuje swoim zakresem również prawo do uzyskania zwrotu podatku VAT.
Autor: Paweł Boś, student prawa na Akademii Leona Koźmińskiego w Warszawie, pracownik Russell Bedford
