W myśl nowych przepisów SSE oraz PSI (Polskie strefy inwestycyjne) stracą dotychczasowe udogodnienia podatkowe. Zawężone zostanie zwolnienie z dochodu całego zakładu. Zwolnić z podatku będzie można tylko dochód wygenerowany w związku z realizacją nowej inwestycji, chyba, że podatnik wykaże ścisłe powiązanie pozostałej działalności firmy z dofinansowaną inwestycją. Do kosztów kwalifikowanych nie będzie można wliczać zakupionych środków transportu, co jest spójne z dotychczasową linią orzecznictwa fiskusa każącego traktować te koszty jako niekwalifikowane.
Dobrą wiadomością jest to, że doprecyzowano katalog wykluczonych zmian w decyzji o wsparciu oraz przepisy związane z ulgą podatkową IP Box i w myśl nowelizacji podatnicy prowadzący działalność w ramach PSI lub SSE będą mogli skorzystać z ulgi IP Box na zasadach ogólnych.