W przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, kwotę podatku naliczonego, oblicza się proporcją, według zasad ściśle określonych w przepisach prawa. Sposób określenia proporcji powinien odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Przedmiotowej zasady nie stosuje się w przypadku wykorzystania towarów i usług do celów osobistych. W takim przypadku nieodpłatne przekazanie towarów zrównane jest z przekazaniem odpłatnym oraz w przypadku użycia pojazdów samochodowych do celów innych niż działalność gospodarcza. Ustalanie proporcji ma, prowadzić do określenia wysokości odliczenia VAT w sposób możliwie odpowiadający specyfice prowadzonej działalności. Za proporcję przyjmuje się stosunek obrotu rocznego z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane odpowiednio przychody lub dochody z innej działalności. Proporcję określa się procentowo w ujęciu rocznym i zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.
Ustawodawca zmienił też właściwość naczelnika urzędu skarbowego w sprawach dotyczących VAT z tytułu importu towarów. Wprowadzone zmiany pozostawiają we właściwości naczelnika urzędu celnego wymiar i zwrot nadpłaty VAT z tytułu importu. Naczelnik urzędu skarbowego nie będzie już właściwy w sprawach zwrotu nadpłaty VAT z tytułu importu. Po zmianie przepisów zarówno sprawami wymiaru VAT, jak i zwrotu nadpłaty VAT od importu będą się zajmowali naczelnicy urzędu celnego. Postępowania o zwrot nadpłaty wszczęte i niezakończone przed 1 stycznia 2016 r. będą podlegały załatwieniu przez naczelników urzędów skarbowych właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących do 31 grudnia 2015 r. Przedmiotowa zmiana likwiduje dualizm organów podatkowych zaangażowanych w proces związany z określaniem podatku i zwrotem nadpłat oraz usprawnia postępowanie w tym zakresie i w założeniu ma przyśpieszyć zwrot ewentualnej nadpłaty. Skoro bowiem wymiaru podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów dokonuje naczelnik urzędu celnego, to racjonalne jest, aby ten sam organ określał nadpłatę i ją rozdysponowywał zgodnie z zasadami określonymi w Ordynacji podatkowej. Przedmiotowa zmiana likwiduje dualizm organów podatkowych zaangażowanych w proces związany z określaniem podatku i zwrotem nadpłat oraz usprawnia postępowanie w tym zakresie i przyśpiesza moment zwrotu ewentualnej nadpłaty.
Zmodyfikowany został też sposób ustalania odsetek od podatku VAT z tytułu importu towarów. Zmiana jest spowodowana wprowadzeniem do ustawy Prawo celne regulacji, obowiązujących w Ordynacji podatkowej od 1 stycznia 2016 r., które pozwalają naliczać podwyższone oraz obniżone odsetki od zaległości. Zasady pobierania podwyższonych lub obniżonych odsetek będą miały zastosowanie również do kwot VAT niepobranych, określonych w decyzjach organów celnych w przypadkach wskazanych w art. 65 ust. 6a i 6b ustawy – Prawo celne. Według ustawy – Prawo celne stawka odsetek w wysokości 150% stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych będzie pobierana, gdy:
- powstał dług celny na podstawie art. 202–205 oraz art. 210 i art. 211 Wspólnotowego Kodeksu Celnego,
- kwota wynikająca z długu celnego została zaksięgowana na podstawie nieprawidłowych lub niekompletnych danych, podanych przez zgłaszającego w zgłoszeniu celnym,
a w wyniku kontroli zgłoszenia celnego dokonanej z urzędu stwierdzono zaniżenie kwoty należności wynikającej z długu celnego w wysokości przekraczającej 25% kwoty należnej i wyższej niż pięciokrotna wysokość minimalnego wynagrodzenia w rozumieniu ustawy z 10 października 2002 r. o minimalnym wynagrodzeniu za pracę, obowiązującego w dniu następującym po dniu upływu terminu płatności należności. Przedmiotowa zmiana umożliwia stosowanie podwyższonych oraz obniżonych stawek odsetek za zwłokę, jak również powoduje, że wysokość odsetek w podatku VAT od importu będzie odpowiadała tym naliczanym na podstawie przepisów Prawa celnego.
Zmianom uległa też właściwość organów podatkowych w sprawach dotyczących podatku od towarów i usług. Uchyleniu uległa większość przepisów określających szczególne zasady ustalania właściwości organów podatkowych w sprawach dotyczących podatku VAT. Do ustalania urzędu skarbowego właściwego dla rozliczeń VAT od 1 stycznia 2016 r. stosujemy zasady ogólne wynikające z art. 17 ustawy Ordynacji podatkowej. Z regulacji tych wynika, że jeżeli ustawy podatkowe nie stanowią inaczej, właściwość miejscową organów podatkowych ustala się według miejsca zamieszkania albo adresu siedziby podatnika. Oznacza to, że zgodnie z art. 17 § 1 Ordynacji podatkowej, właściwymi dla podatników VAT organami podatkowymi stali się naczelnicy urzędu skarbowego właściwi ze względu na miejsce zamieszkania lub siedzibę podatników. Do tej pory zgodnie z zasadami określonymi w ustawie o VAT właściwym dla podatnika organem podatkowym był naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Jeśli więc miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie pokrywało się z adresem siedziby podatnika, to w zakresie VAT podatnik rozliczał się w różnych urzędach skarbowych. Wprowadzona zmiana prowadzi do ustalenia właściwości miejscowej jednego urzędu skarbowego dla wszystkich podatków.
