W pierwszym przypadku trzeba ustalić definicję świadczenia kompleksowego i stawkę według której należy opodatkować całą usługę.
Z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wynika, że świadczenia należy traktować jako kompleksowe w sytuacji, gdy z ekonomicznego punktu widzenia kilka zobowiązań jest ze sobą tak ściśle związanych, że ich rozdzielenie miałoby sztuczny charakter.
W związku z powyższym jeżeli usługa transportowa nie stanowi dla klienta celu samego
w sobie i służy do prawidłowego skorzystania z całości świadczenia, to może być uznana za pomocniczą względem świadczenia głównego. Powyższe potwierdza interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 13 stycznia 2015 r., (IBPP1/443-978/14/BM), w której stwierdzono, że:
„(…) Co do zasady każde świadczenie dla celów opodatkowania podatkiem od towarów i usług powinno być traktowane jako odrębne i niezależne, jednak w sytuacji, gdy kilka świadczeń obejmuje z ekonomicznego punktu widzenia jedną usługę, usługa ta nie powinna być sztucznie dzielona dla celów podatkowych. Zatem, z ekonomicznego punktu widzenia usługi nie powinny być dzielone dla celów podatkowych wówczas, gdy tworzyć będą jedną usługę kompleksową obejmującą kilka świadczeń pomocniczych.”
Ustalając jaką stawką objęte są koszty transportu w przypadku realizacji usługi dostawy towaru, warto zaznaczyć, że podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej w związku z dostarczonym towarem lub wyświadczoną usługą.
Problemy pojawiają się w przypadku gdy dostawa dotyczy przedmiotów opodatkowanych różnymi stawkami VAT. W takim przypadku ww. interpretacji indywidulanej Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach stwierdził, że:
„Z przepisów ustawy o VAT nie wynika wprost sposób opodatkowania kosztów transportu w przypadku, gdy przedmiotem jednej dostawy są towary opodatkowane według różnych stawek podatku VAT. Analiza celowościowa art. 29a ust. 1 ustawy o VAT wskazuje, że w takich przypadkach koszty transportu powinny proporcjonalnie zwiększać podstawę opodatkowania poszczególnych towarów/wyrobów opodatkowanych według różnych stawek.”
Odrębną kwestię stanowi zmiana ceny już po wystawieniu faktury. Przepisy dotyczące podatku od towarów i usług nie przewidują możliwości wystawienia kilku faktur dokumentujących tę samą transakcję. W związku z tym w interpretacji indywidulanej Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 23 września 2015 r.,
(IBPP4/4512-192/15/PK) uznał, że:
„Po zrealizowaniu transakcji i określeniu rzeczywistej ceny jaką kontrahenci winni zapłacić Wnioskodawcy, podatnik winien wystawić fakturę korygującą, w której zostanie uwzględnione przedmiotowe podwyższenie ceny. Tym samym brak jest tutaj podstaw do wystawienia dodatkowej faktury opiewającej na kwotę, o którą została ta cena podwyższona.”
Podsumowując do podstawy opodatkowania wliczane są koszty dodatkowe tylko wówczas, jeżeli są bezpośrednio związane z czynnością, dla której ustala się podstawę opodatkowania oraz pobierane są bezpośrednio przez dostawcę towarów. Jeżeli świadczenie ma charakter kompleksowy i koszty transportu wchodzą do podstawy opodatkowania dostawy towaru, to są opodatkowane stawką VAT właściwą dla tego towaru. W przypadku gdy dostawa towaru podlega opodatkowaniu stawką obniżoną
(np. 8%), to koszty transportu są wliczone w cenę tego towaru, więc także opodatkowujemy je obniżoną stawką. W sytuacji dostawy towarów objętych różnymi stawkami VAT koszty transportu powinny proporcjonalnie zwiększać podstawę opodatkowania poszczególnych towarów/wyrobów. Dodatkowo warto pamiętać, że
zmiana ceny już po wystawieniu faktury, skutkować powinna odpowiednio zmianą podstawy opodatkowania VAT i wystawieniem faktury korygującej.
W drugim przypadku koszty transportu jako świadczenie niezależne od dostawy towaru powinny być opodatkowane i udokumentowane odrębnie. Powyższe potwierdza interpretacja indywidulana Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, który z dnia 25 marca 2015 r. (IPPP1/443-1500/14-2/M) stwierdził, że:
„jeżeli sprzedaż towaru obejmuje dostawę bez wskazania usługi transportowej jako koniecznego elementu danej dostawy, a sprzedający dodatkowo oferuje za odrębną odpłatnością usługę transportową, to usługa ta będzie stanowiła świadczenie odrębne (…) Zatem koszty transportu powinny być traktowane jako odrębnie świadczone usługi, które nie powinny powiększać podstawy opodatkowania towarów będących przedmiotem dostawy.”
Podsumowując koszty transportu jako świadczenie niezależne należy opodatkować odrębnie, stosując dla nich właściwą stawkę VAT. Ponadto trzeba je również udokumentować w odrębnej pozycji lub wystawiając nową fakturę VAT.