Pliki JPK-VAT to obowiązkowe informacje podatkowe. W przepisach podatkowych brak jest regulacji odnoszących się do grożących podatnikom kar za niezłożenie plików JPK-VAT w terminie. Zastosowanie znajdują w takim przypadku przepisy kodeksu karno skarbowego (kks). W konsekwencji niezłożenie pliku JPK-VAT lub też przesłanie takiego pliku z błędami skutkować będzie nałożeniem na danego przedsiębiorcę kary grzywny.
Zgodnie z treścią art. 80 § 1 kks „kto wbrew obowiązkowi nie składa w terminie właściwemu organowi wymaganej informacji podatkowej, podlega karze grzywny do 120 stawek dziennych”.
Wskazać również należy, iż niezłożenie plików JPK-VAT w formie, terminie oraz zawarcie w nich danych niezgodnych ze stanem faktycznym może zostać również zakwalifikowane jako wykroczenie lub przestępstwo skarbowe. Odpowiedzialności w takiej sytuacji podlega osoba odpowiedzialna w przedsiębiorstwie za sprawy finansowe i sprawozdawcze. W konsekwencji odpowiedzialność karno skarbowa dotyczyć może właścicieli jednoosobowych firm, członków zarządu, wspólników spółek osobowych, kierowników lub inne osoby, na które został nałożony obowiązek przesyłania plików JPK-VAT na podstawie zawartej umowy.
Dla części przedsiębiorców problematycznym jest złożenie plików JPK-VAT w terminie. Podkreślić należy, iż w takiej sytuacji nie jest możliwe złożenie przez podatnika czynnego żalu. Instytucja czynnego żalu ma bowiem zastosowanie w sytuacji, gdy organ skarbowy nie jest świadomy tego, że podatnik nie dopełnił należycie nałożonych na niego obowiązków podatkowych. Natomiast z momentem wysłania deklaracji VAT, urząd skarbowy posiada już kompletne dane dotyczące transakcji podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT. Część przedsiębiorców próbuje uniknąć grożącej kary za niezłożenie pliku JPK-VAT w terminie, poprzez dokonanie wysyłki tzw. „zerowego” pliku JPK-VAT co nie jest dobrym rozwiązaniem. Dane zawarte w „zerowym” pliku JPK-VAT są różne od kwot wskazanych w wysłanej wcześniej do urzędu skarbowego deklaracji VAT. Tego rodzaju działanie wypełnia znamiona czynu zabronionego polegającego na składaniu nieprawdziwych informacji podatkowych o czym należy pamiętać podejmując tego rodzaju decyzję.
Niemniej jednak przedsiębiorcy nie stoją na zupełnie straconej pozycji w tym zakresie. Istniejącym legalnym wyjściem z takiej sytuacji dla przedsiębiorców jest złożenie wniosku o odroczenie terminu na złożenie pliku JPK-VAT. Podkreślić należy, że urząd skarbowy posiada niestety pełną uznaniowość w zakresie wydania decyzji pozytywnej lub negatywnej w tym przedmiocie. W konsekwencji złożenie wniosku o odroczenie terminu na złożenie pliku JPK-VAT nie stanowi 100% ochrony przed karą dla przedsiębiorcy.