Jeśli pacjent będzie wymagał obserwacji na szpitalnym oddziale ratunkowym lub izbie przyjęć, Fundusz wypłaci mu 3 tys. zł. Za hospitalizację związaną ze wstrząsem anafilaktycznym trwającą poniżej dwóch tygodni dostanie 10 tys. zł. Wysokość wypłaty za pobyt w szpitalu związany z innymi działaniami niepożądanymi zależy od długości pobytu w szpitalu. Jeśli potrwa on 14 do 30 dni, pacjent dostanie od 10 tys. zł do 20 tys. zł, 31–50 dni: 21–35 tys. zł, 51–70 dni: 36–50 tys. zł, 71–90 dni: 51–65 tys. zł, 91–120 dni: 66–89 tys. zł, a powyżej 120 dni: 100 tys. zł. Jeśli pacjent musi zostać poddany zabiegowi w znieczuleniu ogólnym, świadczenie podwyższane jest o 15 tys. zł, jeśli innemu zabiegowi lub metodzie leczenia czy diagnostyki stwarzającej podwyższone ryzyko – o 5 tys. zł, jeśli wymaga opieki na oddziale intensywnej terapii przez co najmniej 7 dni – o 10 tys. zł i o 20 tys., gdy pobyt na OIT trwa dłużej niż 30 dni.
Świadczenie kompensacyjne obejmuje również zwrot kosztów dalszego leczenia lub rehabilitacji po zakończeniu obserwacji lub hospitalizacji, jednak w kwocie nie większej niż 10 tys. zł, a łączna kwota świadczenia nie może być wyższa niż 100 tys. zł.
Wypłata świadczenia kompensacyjnego będzie następowała na podstawie decyzji wydawanej przez rzecznika praw pacjenta (RPP), a o wypłacie zadecyduje analiza merytoryczna działającego przy RPP zespołu ds. świadczeń z FKSO.
Docelowo świadczeniami kompensacyjnymi będą objęte także obowiązkowe szczepienia ochronne dzieci i młodzieży do 19. roku życia i nieobowiązkowe szczepienia w sytuacji epidemii organizowane przez organy państwa i finansowane z budżetu państwa, takie jak szczepienia przeciw odrze lub Covid-19 oraz szczepienia wprowadzane w stanie epidemii. Świadczenie będzie przysługiwać również wtedy, gdy szczepienie zostanie wykonane szczepionką inną niż zakupiona przez Ministerstwo Zdrowia.